AppVM でアプリケーションを利用するためには、TemplateVM にパッケージをインストールする必要があります。Qubes OS 4.0.1 では、fedora-29 がデフォルトの Template VM になっていますので、dom0 で以下のコマンドを実行します。
$ qvm-run -u root --no-gui -p fedora-29 'dnf install NetworkManager-sstp-gnome' $ qvm-shutdown fedora-29
AppVM を再起動してから、NetworkManger で VPN プロファイルを作成する際に、Point-to-Point Tunneling Protocol (SSTP) が選択できるようになっていれば OK です。